הסוכנות היהודית פועלת בשיתוף פעולה עם עמותות מוכרות, כ'בן עמי', 'בת עמי', 'תורה מציון' ו'עמיחי' (בני עקיבא). שיתוף הפעולה מתבטא באיתור, גיוס, מיון, הכשרה, שיגור וליווי השליחים הצעירים המתנדבים בקהילות יהודיות ברחבי העולם. השליחים מהווים חלק ממשלחת המוסדות הלאומיים ומשתתפים באירועים של הסוכנות היהודית, בהשתלמויות ובמגוון יוזמות אחרות.