הקרן הוקמה ב-2002, עם התגברות פעילות הטרור והחרפת היקף הפגיעה באוכלוסייה האזרחית. הקרן פועלת בראשות יו"ר ועדה מקצועית שדנה באופן שוטף בבקשות סיוע. היא כוללת נציגי משרד הביטחון, המוסד לביטוח לאומי, משרד העלייה והקליטה והסוכנות היהודית.

היו"ר המתנדב של הקרן הוא תא"ל (מיל) אמיר רוגובסקי.

בנוסף למענקים מפעילה הקרן ימי הפוגה לילדים.

הקרן לנפגעי טרור היתה הגוף היחיד שנתן מימון לטיפולים הרפואיים המשלימים שאני זקוק להם. אתה באמת הצלת אותי בזמן קשה.