1. חבר הנאמנים
חבר הנאמנים קובע את מדיניותה של הסוכנות היהודית לארץ ישראל ומנהל, מפקח, מכוון ושולט על פעולותיה ופעילויותיה. כל הגופים (למעט העצרת), בעלי תפקידים ופקידי הסוכנות היהודית יפעלו בהתאם ובמסגרת המדיניות שתיקבע על ידי העצרת וחבר הנאמנים, ויהיו אחראים בפני חבר הנאמנים. בתקופה שבין כינוסי העצרת, תהא לחבר הנאמנים סמכות מלאה לפעול בשם הסוכנות ולקבוע מדיניות, אך זאת בתנאי שהחלטותיו ופעולותיו לא יהיו בניגוד להחלטותיה או להוראותיה של העצרת.

2. העצרת
תפקידי העצרת הם:
קביעת מדיניות בסיסית ומטרות לסוכנות
קבלה ודיון בדו"חות תקציביים ואחרים מאת חבר הנאמנים
מתן המלצות בנושאים מרכזיים
קבלת החלטות לגבי הנ"ל
מינוי ועדת מינויים, על פי הצורך, כדי להמליץ על מועמדים לתפקיד יושב הראש, הגזבר ובעלי משרה אחרים.

3. ההנהלה
ההנהלה, הפועלת כגוף קולקטיבי בעל אחריות קולקטיבית, אחראית על ניהול הפעולות של הסוכנות היהודית, ונתונה לפיקוחו של חבר הנאמנים. ההנהלה מיישמת מדיניות עליה החליטו העצרת וחבר הנאמנים, באמצעות המנהל הכללי ותחת הנחייתו של יו"ר ההנהלה. יו"ר ההנהלה, או בהעדרו הגזבר, יושב בראש כל ישיבות ההנהלה.

ההנהלה מוסמכת להשתמש בכל סמכויות הסוכנות, לחתום על חוזים, ללוות כספים, להנפיק ראיות על חבויות, אגרות חוב, ערבויות ובטחונות אחרים, לרכוש או למכור נכסים, לבצע מסמכים בשם הסוכנות, ובאופן כללי לייצג את הסוכנות ולפעול בשמה ולמענה.

4. לשכת המזכיר הכללי
לשכת המזכיר הכללי משמשת כממשק בין חברי חבר הנאמנים והעצרת לבין הסוכנות היהודית. בהתאם לתקנון, המזכיר הכללי אחראי בפני יו"ר חבר הנאמנים ובפני יו"ר ההנהלה. הוא משמש כמזכיר העצרת, מזכיר חבר הנאמנים ומזכיר ההנהלה. עוד הוא אחראי על ציוות העצרת, חבר הנאמנים וועדותיו וההנהלה. בנוסף, המזכיר הכללי שומר ומתייק מסמכים רשמיים של הסוכנות היהודית, כולל פרוטוקולים והחלטות של העצרת, של חבר הנאמנים וההנהלה. לשכת המזכיר הכללי אחראית על תקנון הסוכנות היהודית ועל הסכם הכינון מחדש

חבר הנאמנים
מבנה הממשל של הסוכנות היהודית